烟气从底部进入脱硫塔，在脱硫塔的进口段，高温烟气与加入的脱硫剂、循环脱硫灰充分预混合，进行初步的脱硫反应，在这一区域主要完成脱硫剂与SO₂、SO₃的反应。
后烟气通过脱硫塔下部的文丘里管的加速，进入循环流化床床体；物料在循环流化床里，气固两相由于气流的作用，产生激烈的湍动与混合，充分接触，在上升的过程中，不断形成絮状物向下返回，而絮状物在激烈湍动中又不断解体重新被气流提升，使得气固间的滑落速度高达单颗粒滑落速度的数十倍；脱硫塔顶部结构进一步强化了絮状物的返回，进一步提高了塔内颗粒的床层密度，使得床内的 Ca/S 比高达 50 以上，SO₂充分反应。这种循环流化床内气固两相流机制，极大地强化了气固间的传质与传热，为实现高脱硫率提供了根本的保证。
在文丘里的出口扩管段设有喷水装置，从而使得 SO₂与Ca(OH)₂的反应转化为可以瞬间完成的离子型反应。脱硫剂、循环脱硫灰在文丘里段以上的塔内进行第二步的充分反应，生成副产物 CaSO₃ ·1/2H₂O，此外还有与 SO₃ 、HF 和HCl 反应生成相应的副产物 CaSO₄ ·1/2H₂O、CaF₂ 、CaCl₂ ·Ca(OH)₂ ·2H₂O 等。
净化后的含尘烟气从脱硫塔顶部侧向排出，然后转向进入脱硫后除尘器进行气固分离。经除尘器捕集下来的固体颗粒，通过除尘器下的脱硫灰再循环系统，返回脱硫塔继续参加反应，如此循环。多余的少量脱硫灰渣通过气力输送至脱硫灰库内，再通过罐车或二级输送设备外排。经脱硫后除尘器后的烟气含尘浓度低于10mg/Nm3 ，最后经引风机排往烟囱。
脱硫塔内生成的脱硫灰目前的主要用途为废矿井填埋、高速公路路基、吸声材料、水泥或其他建材掺合料、制砖等。
